TỪ NGHỊ ĐỊNH 46 ĐẾN NGHỊ QUYẾT 66.13: Thách Thức Ngắn Hạn Và Kỳ Vọng Cải Cách Dài Hạn

Một lô hàng bị giữ lại không phải vì chất lượng hay sai hồ sơ, mà vì không có câu trả lời rõ ràng về việc hồ sơ nào mới là “chuẩn”. Khi quy định đi trước nhưng hướng dẫn chưa theo kịp, mọi rủi ro đều dồn về phía doanh nghiệp. Sau Nghị định 46/2026/NĐ-CP, Nghị quyết 66.13, thông quan không còn là thủ tục, mà trở thành một phép thử về khả năng chịu rủi ro.

Vậy điều gì đang thay đổi?

1. Gánh nặng về thủ tục hành chính và hồ sơ

Việc triển khai đồng thời Nghị định 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP đã làm thay đổi căn bản cách thức doanh nghiệp chuẩn bị và quản lý hồ sơ pháp lý đối với sản phẩm thực phẩm. Khó khăn không chỉ nằm ở việc “tăng thêm thủ tục”, mà ở việc tăng mức độ phức tạp và yêu cầu đồng bộ trên toàn bộ hệ thống hồ sơ.

• Phân loại lại sản phẩm: Dưới Nghị định 46/2026/NĐ-CP đã đưa ra lại và bổ sung thêm các định nghĩa cho Thực phẩm từ đó sản phẩm có thể được phân loại khác so với trước đây, để tránh rủi ro, Doanh nghiệp phải tiến hành rà soát và phân loại lại. Sai phân loại đồng nghĩa với sai hồ sơ.
• Công bố và đăng ký sản phẩm: Vẫn tồn tại hai cơ chế là tự công bố và đăng ký công bố, nhưng quy trình và hồ sơ thay đổi. Doanh nghiệp buộc phải cập nhật lại hồ sơ theo thủ tục mới.
• Các quy định đặc thù có tính liên thông: Công bố sản phẩm gắn với Hệ thống thông tin truy xuất nguồn gốc thực phẩm cơ sở, ghi nhãn và quảng cáo. Sai một khâu có thể ảnh hưởng toàn bộ hồ sơ còn lại.
• Hồ sơ yêu cầu các tài liệu mang tình thiếu khả thi: Nhiều tài liệu được yêu cầu đơn giản là không tồn tại trong thực tế thương mại quốc tế. Doanh nghiệp có đầy đủ thông tin sản phẩm từ nhà sản xuất, nhưng lại không có chứng nhận theo đúng định dạng được yêu cầu. Khoảng cách giữa quy định và thực tiễn vì vậy trở thành điểm nghẽn lớn nhất.
• Khối lượng hồ sơ phải làm lại lớn: Doanh nghiệp có nhiều sản phẩm phải rà soát và cập nhật đồng loạt. Khối lượng lớn dẫn đến rủi ro sai sót cao, đồng thời kéo theo việc điều chỉnh hệ thống nội bộ và truy xuất nguồn gốc, đòi hỏi nguồn lực đáng kể.

2. Ách tắc trong lưu thông và xuất nhập khẩu hàng hóa

Việc triển khai quy định mới trong khi hướng dẫn thực thi chưa đầy đủ và hệ thống chưa kịp thích nghi đã tạo ra những tác động đáng kể đối với hoạt động xuất nhập khẩu thực phẩm.

• Ứ đọng tại cửa khẩu: Trong giai đoạn mới áp dụng, hàng trăm ngàn tấn hàng hóa từng bị chậm xử lý do cơ quan chức năng và doanh nghiệp lúng túng trong việc áp dụng quy trình và chuẩn bị hồ sơ theo quy định mới.
• Tăng bước kiểm tra: Sau hàng loạt các bê bối về thực phẩm xảy ra, các phương thức kiểm tra nhà nước đối với thực phẩm nhập khẩu được áp dụng thận trọng hơn trong thực tế, làm kéo dài thời gian xử lý hồ sơ.
• Phát sinh chi phí: Thời gian chờ đợi kết quả kiểm nghiệm (thường từ 5-7 ngày, thậm chí kéo dài hơn) làm tăng chi phí lưu kho, lưu bãi và nguy cơ hư hỏng hàng hóa, đặc biệt là nông sản tươi sống.

3. Hạn chế về năng lực hệ thống kiểm nghiệm

Hệ thống kiểm nghiệm hiện tại của Việt Nam chưa đáp ứng được các yêu cầu mới của Nghị định.

• Quá tải và chậm trễ: Thời gian trả kết quả tại một số đơn vị có thể kéo dài từ 40 đến 45 ngày. Sau ngày bắt đầu có hiệu lực của Nghị định 46, khối lượng mẫu tăng đột biến sẽ khiến hệ thống không thể đáp ứng.
• Chưa sẵn sàng về nghiệp vụ: Các đơn vị kiểm nghiệm nhà nước chưa chuẩn bị kịp biểu mẫu theo quy định mới, dẫn đến việc không thể cung cấp kết quả cho doanh nghiệp, làm gián đoạn chuỗi thủ tục hành chính.
• Chi phí kiểm nghiệm tăng: Do năng lực trong nước hạn chế, nhiều doanh nghiệp có thể phải gửi mẫu ra nước ngoài với chi phí rất lớn.

4. Khó khăn trong tổ chức thực thi và tính ổn định pháp lý

• Phân cấp quản lý chưa đồng bộ: Việc phân cấp mạnh hơn cho địa phương trong công tác kiểm tra an toàn thực phẩm đặt ra yêu cầu cao về năng lực tổ chức thực thi. Trong khi đó, ở giai đoạn đầu áp dụng, nhiều địa phương chưa kịp chuẩn bị đầy đủ về nhân lực và quy trình, dẫn đến sự không đồng bộ trong cách triển khai.
• Sự lúng túng của cơ quan quản lý: Một số quy định chưa có hướng dẫn chi tiết, dẫn đến cách hiểu và áp dụng chưa thống nhất giữa các cơ quan.
• Bất ổn pháp lý: Do Luật An toàn thực phẩm đang trong quá trình sửa đổi, doanh nghiệp lo ngại việc áp dụng Nghị định 46 lúc này sẽ sớm bị thay thế bởi văn bản mới, gây ra sự xáo trộn môi trường kinh doanh và chi phí tuân thủ lớn.

5. Nhìn từ góc độ dài hạn

Nghị định 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP hiện đang được cộng đồng doanh nghiệp nhìn nhận là một thách thức lớn và trực tiếp đối với hoạt động thông quan, mặc dù về mặt lý thuyết và dài hạn, nó chứa đựng những cơ hội để cải cách hệ thống quản lý an toàn thực phẩm.

Mặc dù gây khó khăn trong thực thi, Nghị định và các cuộc thảo luận xung quanh nó mở ra cơ hội để thay đổi căn cơ tư duy quản lý:

• Nâng cao năng lực cạnh tranh: Việc hoàn thiện khung pháp lý là cần thiết để bảo vệ sức khỏe người tiêu dùng và giúp hàng hóa Việt Nam đáp ứng các yêu cầu hội nhập quốc tế.
• Cơ hội áp dụng quản lý rủi ro: Đây là dịp để chuyển từ tiền kiểm đồng loạt sang quản lý dựa trên rủi ro, công nhận các chứng nhận quốc tế (HACCP, ISO 22000…) để tạo điều kiện thông quan nhanh cho các doanh nghiệp tuân thủ tốt.
• Thúc đẩy chuyển đổi số: Tạo động lực để xây dựng hệ thống dữ liệu liên thông giữa các cơ quan, giúp minh bạch hóa và giảm thiểu các thủ tục chồng chéo.
• Cập nhật hồ sơ sau thay đổi tổ chức hành chính: Sau quá trình sắp xếp, sáp nhập đơn vị hành chính, nhiều hồ sơ công bố vẫn đang thể hiện thông tin địa giới hành chính cũ. Do đó, khi thực hiện lại thủ tục theo quy định mới, đây cũng là dịp để doanh nghiệp cập nhật thông tin địa giới hành chính hiện hành, nhằm đảm bảo tính đồng bộ và thống nhất của hồ sơ.

Kết luận

Ở thời điểm hiện tại, Nghị định 46 và Nghị quyết 66.13/2026/NQ-CP tạo ra áp lực đáng kể đối với doanh nghiệp, chủ yếu do yếu tố triển khai và chuyển tiếp. Tuy nhiên, về dài hạn, đây có thể là bước đi cần thiết để hoàn thiện hệ thống quản lý an toàn thực phẩm theo hướng chặt chẽ và chuyên nghiệp hơn.

Tại thời điểm khi đang có sự thay đổi liên tục của quy định pháp luật, LTT & Lawyers khuyến khích Khách hàng nên cân nhắc kế hoạch nộp hồ sơ và lộ trình cập nhật phù hợp nhằm đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật, đồng thời hạn chế phát sinh thủ tục và chi phí trong giai đoạn chuyển tiếp.